生生不息

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【音云API】让R自己解释画出的图表

【音云API】让R自己解释画出的图表

背景 我们已经知道Chatgpt可以帮助我们写代码,以及使用起来gpt直接融合进Rstudio的插件。 使用R语言做可视化,可以画出多种精美的图标。最后用于写文章时,大量的figure legend需要我们去书写,以及解释图标的结果。 是时候使用人工智能的武器来帮助我们解释图表了。 有没有可以让gp
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2025-01-11
TCGA 生存分析理论+实战

TCGA 生存分析理论+实战

一、生存分析的基本概念 生存时间:从规定的观察起点至事件终点出现所经历的时间长度。 生存数据:① 完全数据:准确的生存时间;② 删失数据/截尾数据:由于某种原因无法观察到事件终点出现的数据。 删失数据的原因包括:1)研究结束时终点事件未发生;2)失访;3)研究对象因其他原因死亡或无法耐受而终止观察。
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2024-12-24
TCGA 临床数据的下载与整理

TCGA 临床数据的下载与整理

背景 前面我们下载了新版tcga的rnaseq 数据,同时下载了样本的临床数据,此次就可以对临床数据进行整理了。 一、临床数据整理 rm(list = ls()) #### 魔幻操作,一键清空~ getwd() setwd('C:/Users/Administrator/project_gdc2
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2024-12-23
R语言优雅搞定GEO表达矩阵的下载整理与临床数据

R语言优雅搞定GEO表达矩阵的下载整理与临床数据

背景 GEOquery:两分钟教你用R语言搞定表达矩阵的下载整理与临床数据,GEO数据库挖掘 使用方法 #引用包 library(Biobase) library(GEOquery) library(biomaRt) #输入GSE系列号和GPL GSE="GSE67545" GPL="GPL150
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2024-12-09
如何优雅的使用R语言下载GEO数据库表达矩阵

如何优雅的使用R语言下载GEO数据库表达矩阵

背景 GEO数据库很多表达矩阵需要我们下载平台的探针注释文件,再得出基因表达矩阵。 如何优雅的使用R语言快捷的下载出来呢? 国外友人开发了geneExpressionFromGEO包。 使用方法 library(geneExpressionFromGEO) library(limma) librar
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2024-12-05
R 语言避免pdf的空白页

R 语言避免pdf的空白页

背景 使用R语言,我们生成pdf,有时候第一页是空白页。 原因 pdf 函数中,有一个参数onefile , 默认值为TRUE, 表示每张图片占用pdf 中的一页 当遇到pdf的前几页为空白时,是因为画图的代码产生了几张空白的图片 如果要消除前面的空白,只需要设置onefile = FALSE 就可
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2024-11-23
R语言ggplot2输出pdf中文不显示问题

R语言ggplot2输出pdf中文不显示问题

背景 画图时有的标签是中文的,在RStudio的工作台显示,但是输出为pdf时就是一堆省略号或者小方块。 解决方法 以下是其中一种解决方法,使用Cairo包: library(Cairo) ## 主要是加载包 CairoPDF("1-MAD-point.pdf") ## 这一步很重要 ggp
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2024-11-18
RStudio-server 右下角不显示图片

RStudio-server 右下角不显示图片

背景 最近碰到画图不显示问题,一开始常规操作dev.off()关闭画图器,没想到还是不行 解决方案 升级r到4.4.1后发现 在输出library(ggplot2)或者.libPaths()会提示 当前rstudio版本过低,导致图片不显示。 升级rstudio 降级r 检查ubuntu 22.04
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2024-11-11
R包gpuR安装报错opencl解决

R包gpuR安装报错opencl解决

背景 R 4.4.1 win11 安装gpuR总报错 # .onAttach failed in attachNamespace() for 'gpuR', details: # call: NULL # error: ViennaCL: FATAL ERROR: ViennaCL enco
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2024-11-06
【音云API】完美缝合Chatgpt和Rstudio

【音云API】完美缝合Chatgpt和Rstudio

# 背景 我们已经知道Chatgpt可以帮助我们写代码,除了单独使用[音云助手](https://g.voiceclouds.cn)等类OpenAI官方的浏览器,来对话生成内容外,我们还有没有其他选项呢? 有没有可以将gpt直接融合进Rstudio的插件,这样我们可以直接使用"AIRstudio
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2024-10-03