TCGA 生存分析理论+实战
一、生存分析的基本概念 生存时间：从规定的观察起点至事件终点出现所经历的时间长度。 生存数据：① 完全数据：准确的生存时间；② 删失数据/截尾数据：由于某种原因无法观察到事件终点出现的数据。 删失数据的原因包括：1）研究结束时终点事件未发生；2）失访；3）研究对象因其他原因死亡或无法耐受而终止观察。
TCGA
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TCGA 临床数据的下载与整理
背景 前面我们下载了新版tcga的rnaseq 数据,同时下载了样本的临床数据，此次就可以对临床数据进行整理了。 一、临床数据整理 rm(list = ls()) #### 魔幻操作，一键清空~
getwd()
setwd('C:/Users/Administrator/project_gdc2
TCGARNAseq差异分析火山图
背景 前面我们下载了新版tcga的rnaseq counts数据。 接下来就利用TCGA数据库的LIHC数据进行数据整理，获得我们进行差异分析需要的counts、TPM等数据。 一、处理代码 ### 解压数据，创建存储文件夹----
# 我们使用命令行下载的，直接就是解压后的文件目录，可以跳过这一步
24年TCGA GDC 2.0界面介绍及数据下载教程
背景 TCGA（The Cancer Genome Atlas）GDC（Genomic Data Commons）data portal 2.0是2024年全新推出的癌症基因组数据共享平台，此版本界面采用了最先进的Web技术，为用户提供了更加直观、互动性强的数据浏览体验。新版界面的设计注重用户友好性