RNA-Seq简介及TPM介绍
一、组学概念和思考 组学：Omics 是一种系统生物学的研究方法，从整体出发，系统地对生物体内某一类分子族群的全面研究，突破了传统的单分子研究限制。 打个比方：曾经科研大多以单个分子的研究入手，比如探究某个蛋白在某种疾病中的作用，但是这种单一的探究具有局限性，是否还会有别的蛋白影响其在疾病发生中的调
RNA-Seq
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TCGARNAseq差异分析火山图
背景 前面我们下载了新版tcga的rnaseq counts数据。 接下来就利用TCGA数据库的LIHC数据进行数据整理，获得我们进行差异分析需要的counts、TPM等数据。 一、处理代码 ### 解压数据，创建存储文件夹----
# 我们使用命令行下载的，直接就是解压后的文件目录，可以跳过这一步
Error: could not locate transcript ENST00000624361解决stringtie定量报错
背景 近期做的RNA-Seq数据上游，hisat2+stringtie流程，使用的stringtie官方的prepDE.py脚本定量。 prepDE.py -i sample_lst.txt 命令报错： Error: could not locate transcript ENST000006243