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R语言优雅搞定GEO表达矩阵的下载整理与临床数据

R语言优雅搞定GEO表达矩阵的下载整理与临床数据

背景 GEOquery:两分钟教你用R语言搞定表达矩阵的下载整理与临床数据,GEO数据库挖掘 使用方法 #引用包 library(Biobase) library(GEOquery) library(biomaRt) #输入GSE系列号和GPL GSE="GSE67545" GPL="GPL150
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2024-12-09
如何优雅的使用R语言下载GEO数据库表达矩阵

如何优雅的使用R语言下载GEO数据库表达矩阵

背景 GEO数据库很多表达矩阵需要我们下载平台的探针注释文件,再得出基因表达矩阵。 如何优雅的使用R语言快捷的下载出来呢? 国外友人开发了geneExpressionFromGEO包。 使用方法 library(geneExpressionFromGEO) library(limma) librar
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2024-12-05