生生不息

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R语言

R语言优雅搞定GEO表达矩阵的下载整理与临床数据

R语言优雅搞定GEO表达矩阵的下载整理与临床数据

背景 GEOquery:两分钟教你用R语言搞定表达矩阵的下载整理与临床数据,GEO数据库挖掘 使用方法 #引用包 library(Biobase) library(GEOquery) library(biomaRt) #输入GSE系列号和GPL GSE="GSE67545" GPL="GPL150
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2024-12-09
R 语言避免pdf的空白页

R 语言避免pdf的空白页

背景 使用R语言,我们生成pdf,有时候第一页是空白页。 原因 pdf 函数中,有一个参数onefile , 默认值为TRUE, 表示每张图片占用pdf 中的一页 当遇到pdf的前几页为空白时,是因为画图的代码产生了几张空白的图片 如果要消除前面的空白,只需要设置onefile = FALSE 就可
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2024-11-23
R语言ggplot2输出pdf中文不显示问题

R语言ggplot2输出pdf中文不显示问题

背景 画图时有的标签是中文的,在RStudio的工作台显示,但是输出为pdf时就是一堆省略号或者小方块。 解决方法 以下是其中一种解决方法,使用Cairo包: library(Cairo) ## 主要是加载包 CairoPDF("1-MAD-point.pdf") ## 这一步很重要 ggp
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2024-11-18
RStudio-server 右下角不显示图片

RStudio-server 右下角不显示图片

背景 最近碰到画图不显示问题,一开始常规操作dev.off()关闭画图器,没想到还是不行 解决方案 升级r到4.4.1后发现 在输出library(ggplot2)或者.libPaths()会提示 当前rstudio版本过低,导致图片不显示。 升级rstudio 降级r 检查ubuntu 22.04
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2024-11-11
R包gpuR安装报错opencl解决

R包gpuR安装报错opencl解决

背景 R 4.4.1 win11 安装gpuR总报错 # .onAttach failed in attachNamespace() for 'gpuR', details: # call: NULL # error: ViennaCL: FATAL ERROR: ViennaCL enco
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2024-11-06
【音云API】完美缝合Chatgpt和Rstudio

【音云API】完美缝合Chatgpt和Rstudio

# 背景 我们已经知道Chatgpt可以帮助我们写代码,除了单独使用[音云助手](https://g.voiceclouds.cn)等类OpenAI官方的浏览器,来对话生成内容外,我们还有没有其他选项呢? 有没有可以将gpt直接融合进Rstudio的插件,这样我们可以直接使用"AIRstudio
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2024-10-03
R语言中的浮点数

R语言中的浮点数

背景 使用R语言计算 > 0.6*7 - 0.7*6 [1] 8.881784e-16 出现了以上结果,本来结果应为0的。 原因 这实际上是电脑算法产生的细微误差,如果用"=="或者identical(),可以捕捉到这些细微误差。 > 0.6*7 == 0.7*6 [1] FALSE > iden
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2024-10-03
Linux环境安装R包Rglpk报错

Linux环境安装R包Rglpk报错

背景 使用服务器的R语言,安装poppr包过程中,报错: In file included from vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.c:32: vendor/cigraph/src/internal/glpk_support.h:39
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2024-10-03
解决Bioconductor version cannot be validated

解决Bioconductor version cannot be validated

背景 最近新电脑,安装R包有的需要使用BiocManager进行安装。过去使用BiocManager安装R包就是手到擒来,轻轻松松。但是这次装个R包居然遇到了很多困难。 报错内容 这次的报错主要是: Error: Bioconductor version cannot be validated; n
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2024-10-03
R报错-导入中文数据时invalid multibyte string at ''

R报错-导入中文数据时invalid multibyte string at ''

背景 最近在做一个文本分析的作业,需要导入中文,但是导入的时候遇到了如下的错误,直接是无法读取,甚至连乱码的机会都不给我。 解决方案 查了一会发现是文件的问题,因为我的R已经是调过格式的了,所以系统应该是没有问题的哈~ 主要原因是之前导入的csv的格式是(.csv),但事实上只要把文件重新导出成CS
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2024-10-02