背景 GEO数据库很多表达矩阵需要我们下载平台的探针注释文件，再得出基因表达矩阵。 如何优雅的使用R语言快捷的下载出来呢？ 国外友人开发了geneExpressionFromGEO包。 使用方法 library(geneExpressionFromGEO) library(limma) librar

背景 最近使用宏基因组metawrap工具，conda环境安装后执行报错。 python版本是2.7.15，网上有解决方案是升级为3.8版本后就不报错。 经过一圈的检索，最后对问题的出现原因定位为：在某一个版本的python中丢失了一个备份文件，通常在同一个版本的python下会有两个相同的_sys

背景 做二代宏基因组数据拼接时，spades.py调用报错。 具体报错如下： Traceback (most recent call last): File "/share/home/xiehs/bin/spades.py", line 659, in <module> main(sys.argv)

背景 近期做的RNA-Seq数据上游，hisat2+stringtie流程，使用的stringtie官方的prepDE.py脚本定量。 prepDE.py -i sample_lst.txt 命令报错： Error: could not locate transcript ENST000006243